Ξεκινήστε απλώνοντας σε ένα ταψί τα κομμάτια κολοκύθας, 1 κ.σ. ελαιόλαδο, αλάτι και κανέλα. Ψήστε για 40 λεπτά.
Σε ένα κατσαρολάκι σε αλατισμένο νερό βράστε τα ζυμαρικά σας σύμφωνα με τις οδηγίες που αναγράφονται στη συσκευασία. Στραγγίστε και κρατήστε 1/4 φλ. από το νερό.
Σε ένα τηγάνι σε μέτρια θερμοκρασία ρίξτε 1 κ.γ. ελαιόλαδο. Μόλις ζεσταθεί προσθέστε το κρεμμύδι. Σοτάρετε για 5-10 λεπτά. Προσθέτετε λίγο νερό όποτε χρειάζεται. Προσθέστε το σκόρδο, το θυμάρι και μαγειρέψτε λίγο ακόμα.
Ρίξτε στο μπλέντερ την κολοκύθα, το κρεμμύδι, το σκόρδο, το θυμάρι, το γιαούρτι, την παρμεζάνα, τον χυμό λεμονιού, αλάτι, πιπέρι και μοσχοκάρυδο. Χτυπήστε και δοκιμάστε για να δείτε αν σας λείπει κάτι.
Ανακατέψτε τη σάλτσα κολοκύθας με τα ζυμαρικά σας. Σερβίρετε αμέσως.
Μπορείτε να διατηρήσετε τη σάλτσα σας σε ταπεράκι μέσα στο ψυγείο για 3-4 μέρες.