Ξεκίνα ψήνοντας τις πατάτες και τις μελιτζάνες σε προθερμασμένο φούρνο στους 200 βαθμούς. Οι μελιτζάνες θέλουν γύρω στα 20 λεπτά και οι πατάτες γύρω στα 30. Άλειψε όλες τις φέτες με ελαιόλαδο. Ρίξε από πάνω αλάτι και πιπέρι.
Στο μεταξύ φτιάξε και τον κιμά φακής. Βράσε τις φακές σου σε αλατισμένο νερό. Μόλις μαλακώσουν στράγγισέ τις.
Σε κατσαρόλα ρίξε το ελαιόλαδο. Μόλις ζεσταθεί σώταρε το κρεμμύδι και το σκόρδο. Πρόσθεσε την σάλτσα ντομάτας και όλα τα μπαχαρικά. Ρίξε μέσα τις φακές και μαγείρεψε για 10-15 λεπτά. Βγάλε στην άκρη.
Για την μπεσαμέλ ανακάτεψε σε κατσαρολάκι το ελαιόλαδο με το αλεύρι. Έπειτα πρόσθεσε το γάλα. Μόλις πήξει η μπεσαμέλ βγάλε από το μάτι. Πρόσθεσε το τριμμένο τυρί, αλάτι και πιπέρι.
Σε πυρέξ άπλωσε μια στρώση πατάτες και μια στρώση μελιτζάνες (τις μισές περίπου). Ρίξε από πάνω όλο τον κιμά φακής. Στρώσε μελιτζάνες και πατάτες και τελείωσε με την μπεσαμέλ. Ψήσε σε προθερμασμένο φούρνο στους 180 βαθμούς για 30 λεπτά.
Άφησε τον μουσακά να κρυώσει για 30 λεπτά πριν τον κόψεις.